Plus de transparence pour moins de mauvaise science

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Études bancales, données retouchées, travaux vite publiés, vite rétractés… Covid-19 a mis au jour certains maux de la recherche biomédicale. Comment en tirer les leçons? Pour un groupe de jeunes chercheurs d’horizons divers, français pour la plupart, la réponse est toute trouvée: c’est «l’open science», un mouvement en faveur d’une science beaucoup plus transparente. Ils s’en ouvrent dans un article assorti d’une pétition, qui a récolté quelque 400 signatures de chercheurs. La semaine dernière, j’ai discuté avec Lonni Besançon, spécialiste en analyse de données bientôt en poste à Melbourne, et l’une des chevilles ouvrières du projet. Voici ce qu’il à a dire.

Heidi.news – D’où vous est venue l’idée de cet article-pétition?

Lonni Besançon – Principalement de tous les abus que l’on a pu observer pendant la pandémie en matière de mauvaise science et d’articles douteux. Pour la collecte de signature, on s’est inspiré d’un commentaire très influent publié dans Nature en mars 2019, pour protester contre les mauvaises pratiques statistiques des chercheurs. Cette tribune a eu un tel impact que beaucoup de revues ont décidé de changer leur politique éditoriale. Donc cette idée d’article-pétition a germé et on s’est dit, avec quelques camarades chercheurs, que ce serait un bon moyen de promouvoir l’open science. Nous avons mené ce travail sur notre temps libre et recueilli 421 signatures. Il y a beaucoup de jeunes chercheurs mais aussi des grands noms, comme le biologiste Valentin Amrhein et le statisticien Sander Greenland, tous deux auteurs de la tribune de Nature, ou encore les épidémiologistes Bernard Rachet (LSTHM) et David Moher (Ottawa)…

Vous écrivez que les errements de la recherche sur Covid-19 appellent à mettre en œuvre une science plus ouverte et transparente, comme préconisé par le mouvement open science. De quoi s’agit-il?

L’open science est un ensemble de principes basés sur la transparence des résultats et du protocole de recherche. Il y a trois ou quatre principes fondateurs. D’abord l’open access, c’est-à-dire l’accessibilité de tous les articles scientifiques à tous, contrairement au modèle actuel où les chercheurs paient pour publier et où chacun doit payer pour lire. Il y a ensuite l’open peer review, c’est-à-dire le fait que les revues par les pairs, qui évaluent un article avant sa parution, doivent être publiées au lieu de rester confidentielles. Viennent ensuite l’open source, qui consiste à mettre le code utilisé à disposition de la communauté (celui utilisé pour l’analyse statistique, par exemple), et l’open data, pour le partage des données brutes.

A chaque fois, le maître-mot est la transparence.

Oui tout tourne autour du principe de transparence: il s’agit de mettre toutes les informations à la disposition de tout le monde pour permettre à la communauté scientifique de critiquer et commenter les résultats. Dans beaucoup de disciplines une crise de la reproductibilité a émergé depuis plusieurs années: on se rend compte que beaucoup de résultats de recherche sont erronés, qu’on n’arrive pas à les reproduire et que ce qu’on pensait établi ne l’était pas. Une partie de la communauté scientifique a fait un peu n’importe quoi pendant des années et nous voudrions mieux faire.

La santé sur Heidi.news

Les décès et les hospitalisations Covid-19 restent stables en Suisse. Pour l’instant, tout va bien. Peu de morts, peu d’hospitalisations, une augmentation du nombre de tests positifs, mais peu de malades. C’est le tableau général que l’on peut dresser en observant l’évolution de l’épidémie en Suisse au cours du mois dernier. Un tableau rassérénant, même s’il n’augure pas de l’avenir.

Coûts de la santé: des mesures d’économies âprement négociées. Alors que le Conseil national accepte l’enveloppe de 770 millions de francs de crédits supplémentaires pour faire face au coronavirus et discute la loi Covid-19, le Conseil des Etats renonce à prolonger les aides pour les indépendants touchés par la crise et adopte un projet visant à freiner la hausse des coûts de la santé. Pas tout à fait ce que souhaitait le Conseil fédéral.

Pourquoi AstraZeneca suspend les essais sur son vaccin. Le laboratoire britannique AstraZeneca a annoncé mardi 8 septembre au soir avoir suspendu temporairement les essais cliniques avancés sur son vaccin contre Covid-19 développé conjointement avec l’université d’Oxford. En cause, une réaction négative sérieuse d’un des patients traités au Royaume-Uni, dont on ignore encore si elle est due au vaccin ou non. Cette pause doit permettre à un comité indépendant d’examiner les données récoltées jusque-là, avant une reprise de l’essai.

Economie ou santé: faut-il choisir? Covid-19 a plongé l’économie mondiale dans sa pire récession depuis la Seconde Guerre mondiale. Cette chute de l’activité est due en grande partie aux mesures de restriction sanitaires. Faut-il en conclure qu’il y a un choix à faire entre sauver des vies et sauver des emplois? Eh bien non, les deux aspects vont en fait de pair. Une tribune de Cédric Tille, professeur d’économie à l’IHEID et directeur du programme d’assistance bilatérale et de renforcement des capacités des banques centrales, publié dans notre revue «Le Grand Confinement» et à retrouver en accès libre. Pour sortir des fausses dichotomies.

L’épée de Damoclès du référendum anti-droit d’urgence. Le Conseil fédéral a-t-il trop de pouvoirs spéciaux dans la gestion de la crise Covid-19? En abuse-t-il? Veut-il conserver ses prérogatives aussi longtemps que possible et y renoncer aussi lentement que nécessaire? Ces questions agitent peu le débat public, mais font grincer les dents de plusieurs parlementaires, certains cantons et un collectif citoyen, né le 31 mai 2020 au Grutli «dans le but de défendre la Constitution». L’association Amis de la Constitution tient bien au chaud dans ses jeunes tiroirs un référendum contre le droit d’urgence, qui sera lancé si les parlementaires acceptent la loi Covid-19, dont l’examen commence aujourd’hui.

Une raison d'espérer

Les tests de distribution de cannabis autorisés. Le Conseil des Etats a donné aujourd’hui le feu vert à la distribution contrôlée de cannabis dans les grandes villes helvétiques, par 31 voix contre 7. Le tout en levant les freins introduits par le Conseil national, qui voulait réserver la distribution au cannabis biologique et produit de façon indigène. Une évolution attendue, alors qu’un tiers de la population suisse indique avoir déjà fumé du cannabis.

Bien pensé

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Covid-19 est un cauchemar pour l’intuition. Pourquoi cette épidémie est-elle si trompeuse? Dans ce long article, Ed Young, une des plumes scientifiques du magazine américain The Atlantic, s’attache à comprendre pourquoi son pays semble aller de polémique en polémique sur la gestion de Covid-19, comme une espèce de girouette hystérique. Entre solutions monolithiques, fausses dichotomies, et tentation d’un retour à la normale, une plongée enrichissante dans les pièges de pensée que nous tend le virus.

Pendant ce temps sur Heidi.news

Chez les éléphants, les vieux mâles ont aussi un rôle social. Chez les éléphants africains, les femelles les plus âgées sont connues pour exercer un rôle de matriarches au sein des troupeaux. Mais qu’en est-il des mâles âgés? Les chercheurs les avaient négligés jusqu’ici, mais des biologistes de l’Université d’Exeter ont montré que les vieux éléphants mâles joueraient finalement un important rôle de guide social au sein des sociétés de pachydermes.

Les arbres meurent de plus en plus jeunes, et piègent moins de carbone. «Grow fast, die young.» Au fur et à mesure de l’augmentation du CO2 atmosphérique, les arbres poussent de plus en plus vite. Avec une conséquence inattendue: ils meurent aussi plus jeunes, selon une étude publiée dans Nature Communications et relatée sur le site universitaire The Conversation par ses auteurs. Avec le risque que les forêts deviennent des puits à carbone moins efficaces.